身养性具有重大的意义和作用。可是，当儒学被董仲舒加以改造，将儒学的一些主要内容进行政治制度化以后，它就成了不管你自觉与否，自愿与否，都必须遵守的外在规范，因而它的修养意义和作用就大大地被减弱了。
这样，儒学制度化方面的成功，却成了它在道德修养功能方面走向衰危的契机。
到了汉末，政治制度化了的儒学礼教，一方面成为束缚和压制人的自然感情的东西，一方面又成了那些伪君子沽名钓誉的工具，因而引起了人们的强烈不满。玄学乘此流弊而起，调和名教与自然的矛盾，而其中又都强调以“自然”为本。并且在理论学说上，玄学也明确地提出了“道明其本，儒言其用”。
所以，自从玄学诞生以后，儒学尽管在政治制度层面仍然保持着它的统治地位，而在思想修养层面的功能，却已为玄学或道家所取代。
而魏晋南北朝以后，以至于前隋这一段时期，佛教思想开始兴盛了起来，甚至有超过玄学的势头，在士大夫们的思想修养方面起到了一定的作用，不过，到了大唐的时代，随着李家对道教的扶持以及到佛教的打压，还有这些年来对于宗教方面的严格控制，使得佛教对于士大夫阶层的影响力越见衰弱。
而也就是从魏晋南北朝以后到目前为止，儒学只有那些体现为政治制度化方面的东西，在统治阶层的维护下继续起着作用。尽管这一时期儒学文献方面的研究也并没有中断，但像唐朝孔颖达编纂的《五经正义》之类的著作，除整合和逐步统一汉儒和玄学家的观点外，并没有多少新意。所以，儒学在人们的思想修养方面，也发挥不出多大的作用。
洋洋散散向李治述说了我这些年来对于儒学客观的见解和结论之后，我作了总结性发言：“为师也知道，孔老大人，令狐大人等诸位儒师对小弟改讦之处，就是在于为师的《天演论》的学术基础是以老子之学说以引，认为天地不仁，万物以为刍狗，而与汉代儒师董仲舒的天人合一之儒学发展的基础相违背。”
儒学基础是‘天人感应’学说。董仲舒认为天是至高无上的人格神，不仅创造了万物，也创造了人。因此，他认为天是有意志的，和人一样“有喜怒之气，哀乐之心”。人与天是相合的。这种“天人合一”的思想，继承了思孟学派和阴阳家邹衍的学说，而且将它发展得十分精致。
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